Il corso offrira' una panoramica delle principali banche dati di interesse per la genetica e la biologia molecolare.
Queste pagine web intendono essere una sorta di "dispensa" in cui trovare il programma del corso, le principali informazioni riguardo agli argomenti trattati ed i link ai database (e rispettivi tutorial) presi in considerazione.
La lingua italiana e' alternata a quella inglese poiche' alcune parti prese dalla rete (ad esempio le descrizioni originali dei database) non sono state tradotte.
Poiche' le informazioni reperibili in rete cambiano molto rapidamente nella forma oltre che nei contenuti, l'obiettivo del corso non e' tanto quello di fornire una lista piu' o meno esaustiva di informazioni, quanto principalmente di sviluppare una certa "abilita'" nello studente, che lo renda in grado di consultare banche dati bio-molecolari e di comprenderne criticamente i contenuti. Conseguentemente, egli sara' in grado di utilizzare l' enorme disponibilita' di informazione a beneficio delle sue ricerche, anche in campi diversi da quelli per i quali gli argomenti trattati durante il corso sono di specifico interesse.

Introduzione all’utilizzo di database

• Struttura e organizzazione di database (cenni).
• Database compositi e information retrieval.
• Database primari: database di sequenze nucleotidiche e proteiche e database di strutture.
• Database secondari.
• Database di sequenze genomiche.


Analisi di sequenze
 

• Formato FASTA, traduzione, mascheramento, inverso complementare: utilizzo di BCM sequence utilities.
• Ricerca di similarità. Omologia e Analogia, Ortologia e Paralogia.
• Allineamento di sequenze a coppie.
• Allineamento globale o locale.
• Algoritmo di Needleman & Wunsch; algoritmo di Smith & Waterman
• Comparazione di una sequenza con un database: introduzione a FastA e BLAST. BLAST specializzati: Human Genome, BLAST 2, PSI- and PHI-BLAST.
• Allineamento multiplo di sequenze (cenni); ClustalW.

Analisi di una regione genomica di interesse
 
• Mappa fisica (NCBI MapView).
• Uso di Genome Browser ed ENSEMBL per l’annotazione di Gaps della sequenza genomica, STS, geni noti, Trascritti, ESTs.


Recupero di informazioni riguardanti un gene umano di interesse
 

• LOCUSLINK
• UniGene
• GenCards
• OMIM


Dr. Stefania Bortoluzzi
Dipartimento di Biologia, Universita' di Padova
viale G. Colombo 3, 35131, Padova.
Tel. 0039 049 8276214

Page by Stefania Bortoluzzi, last update October 18, 2001